2015年底，艾瑞在發布的資料中顯示今日頭條的日活躍使用者為「數百萬」，但今日頭條稱，包括TalkingData、TrustData、QuestMobile在內的的所有第三方資料機構報告中，今日頭條的日活躍使用者數都超過三千萬。
後雙方溝通結果不理想，今日頭條方面向艾瑞資料發出終止一切合作的聲明郵件。郵件中稱:艾瑞諮詢：「鑑於貴方近期發布的資料報告，多次在行業內遭受普遍質疑，我方不認為貴方具備提供客觀、準確、中立報告的技術能力，也不認為貴方具有提供客觀、準確、中立的報告的主觀願望。鑑於此，我方將從即日起終止與貴方的合作。凡是由你方提供的涉及我公司產品的一切行業資料，我方也不予認可。」
而艾瑞總裁楊偉慶則表示：「兩年內，艾瑞一直致力於推動今日頭條的真實資料體現，但今日頭條對艾瑞的所有建議均不理睬，發生如此事件，非常遺憾的看到作為一個企業管理者的如此言行。」隨後，楊偉慶針對今日頭條一事發出正式回覆，表示願意接受「各個層面的質疑和輿論的監督」。
艾瑞方稱，事件起因是今日頭條的友商昨日發布了推廣稿，而該稿件中的資料圖片並不是艾瑞製作的圖片，而是頭條的友商根據艾瑞的眾多資料分析中找出了最有利自己一個維度資料私下模仿艾瑞平時的製圖風格製作的，不全面更不客觀。艾瑞完全成了一個背鍋俠和出氣筒，其中友商直指一點資訊。[10]
2017年12月29日，國家互聯網信息辦公室指導北京市網信辦約談今日頭條和鳳凰新聞企業負責人，指兩家公司手機客戶端「違反國家有關網際網路法律法規和管理要求，傳播色情低俗資訊，存在嚴重導向問題，對網上輿論生態造成惡劣影響」，要求立即停止違法行為。其中，今日頭條手機客戶端「違規轉載新聞資訊」，「標題黨」問題突出，「嚴重干擾網上傳播秩序」[11]。為配合整改，今日頭條「推薦」、「熱點」、「社會」、「圖片」、「問答」、「財經」等六個頻道自29日晚6點到30日晚6點暫停更新[12]。31日，手機版預設頻道從「社會」改為「新時代」，關閉社會頻道。同時根據當局要求，封禁與禁言過千個自媒體帳號[13][14]。遭到大整頓後的2018年1月3日，今日頭條開始大規模招聘內容稽核編輯職位，要求「熱愛新聞，關心時事，具有良好的政治敏感度和鑑別力」以及「中共黨員優先」，以加強內容稽核[15]
2017年12月底，媒體又曝光今日頭條向使用者推薦「你可能認識的人」，還設有關注提醒。此應用推薦的「你可能認識的人」中，有的是使用者手機通訊錄里的聯絡人，有的則是其微信好友。然而該網友表示，自己的手機通訊錄未向今日頭條開放存取權限，在微信「隱私」設定中，也沒有開通「向我推薦通訊錄朋友」功能，因此有網友認為此舉會洩露隱私。對此今日頭條表示不會掌握使用者的隱私訊息[16]。2018年1月11日，工信部資訊通訊管理局約談今日頭條企業負責人，要求企業嚴格遵守相關法律法規，遵循合法、正當、必要的原則收集使用個人資訊[17]。
2018年3月29日，中國中央電視台財經頻道《經濟半小時》曝光，今日頭條無視監管，避開北上廣深等審查嚴格的地區，專門在其它城市刊登違反《中華人民共和國廣告法》第十六條的藥品類廣告，且廣告中的產品是假冒產品。由於平台上「同仁堂牌葛根山藥膠囊」的虛假廣告，江蘇省食藥監局於2017年12月29日暫停了同仁堂的正規產品銷售，隨後同仁堂方面將相關產品全部下架召回。同仁堂稱從未在今日頭條上發布任何廣告，對虛假廣告進行了舉報並向頭條方面索取發布者的資訊，頭條方面的答覆為「你作為一個企業來說你無權進行了解」。
報道中，今日頭條的員工表示，只要廣告費夠多，他們並不看重推廣的產品是否證照齊全，若產品沒有合法資質，他們可以幫助製作假資質。同時，通過其廣告代理公司進行二次跳轉逃避檢查，並把責任全部推卸給代理公司。[18]
對此，今日頭條於30日回應稱已永久封停相關廣告主帳戶，並被列入誠信黑名單，代理商已被永久終止一切合作，涉事員工已被開除，並將上線風險提示系統，向使用者提示跳轉到頭條站外頁面的情況。[19]
2018年4月4日，國家廣播電視總局就今日頭條播出「有違社會道德」節目等問題，會同屬地管理部門約談了今日頭條主要負責人。經查，今日頭條除上述問題外，長期無視法規訓誡，在不具備《資訊網路傳播視聽節目許可證》的情況下運營視聽節目服務。依據《互聯網視聽節目服務管理規定》，廣電總局要求今日頭條全面清查庫存節目、全面清查庫存節目、追究播出違法違規有害視聽節目的網站稽核人員、主管人員責任，並確保未經稽核的節目不得播出[20]。4月9日，有報道稱各大Android平台的應用商店已接到有關部門下發指令，要求將今日頭條進行暫時下架處理，下架時間自當日15時起，暫停下載期限為3周（至4月30日）[21]，而蘋果App Store則於4月10日暫時下架了今日頭條的應用。雖然應用商店已經收到了有關通知，但未透露具體的通知內容[22]。
2018年4月10日，在國家廣播電視總局宣布今日頭條要求關閉旗下「內涵段子」客戶端軟體及公眾號之後，今日頭條CEO張一鳴發文表示，今後將以「正確的價值觀融入技術和產品」，並整治社群秩序，最佳化社群氛圍。文章還表示，今日頭條將不斷強化人工運營和稽核，將運營稽核隊伍擴大到10000人；產品上線反沉迷、反謠言、反低俗系統等[23]。同日，今日頭條宣布關閉「語錄」、「段子」、「趣圖」、「美圖」和「美女」5個頻道[24]。
2018年8月14日，國家廣播電視總局發布訊息稱，要求北京市文化市場行政執法總隊根據《網際網路視聽節目服務管理規定》，對今日頭條所屬的北京字節跳動科技有限公司發布警告和罰款的行政處罰，同時要求該公司在已開展整改工作的基礎上，「不斷升級有效管用的管理辦法，無死角清除存量問題節目，堅決遏制突出問題節目死灰復燃，嚴密管控新增變種問題節目」[25]。
2019年6月20日，使用者劉先生向北京市海淀區人民法院起訴稱，今日頭條App擅自上傳並儲存了手機通訊錄、不能實現註銷侵犯了其隱私權和個人區域網路資料所有權等權利，分別要求停止侵害、賠禮道歉並支付精神賠償金1元。北京字節跳動科技有限公司代理人在庭審中提出，通訊錄資訊不屬於原告本人且不是法律意義上的隱私訊息，因此並未侵犯劉先生的隱私權，法庭未當庭宣判[26][27]。庭審結束後該公司對相關新聞發出回應稱絕對不認可「通訊錄不屬於使用者隱私」的說法，認為相關新聞斷章取義[28]。
2019年11月，今日頭條因在站外搜尋結果中出現詆毀方志敏的不良資訊，被北京市網信辦約談，並責令平台進行整改[29]。